โดยทั่วไป โพวิโดนไอโอดีนปลอดภัยกว่าไอโอดีน และในบางกรณี ไอโอดีนอาจปลอดภัยกว่าหากใช้
โดยทั่วไปโพวิโดนไอโอดีนปลอดภัยกว่าไอโอโดฟอร์ โพวิโดนไอโอดีนเป็นสารประกอบเชิงซ้อนของออกซิเจนและไอโอดีนไอออน ทำให้ระคายเคืองต่อผิวหนังและเยื่อเมือกน้อยลง และเหมาะสำหรับการใช้งานในระยะยาวมากกว่า ในทางกลับกัน ไอโอโดฟอร์เป็นสารละลายไอโอดีนที่มีผลระคายเคืองต่อผิวหนังและเยื่อเมือกอย่างมาก การใช้เป็นเวลานานอาจทำให้เกิดอาการแพ้ผิวหนังและปัญหาอื่นๆ
อย่างไรก็ตาม ในบางกรณี ไอโอดีนอาจปลอดภัยกว่า ตัวอย่างเช่น เมื่อต้องการฆ่าเชื้อที่ผิวหนัง แพทย์อาจแนะนำให้ใช้ไอโอดีน เนื่องจากโพวิโดนไอโอดีนอาจทำให้เกิดอาการแพ้หรือระคายเคืองต่อผิวหนังได้
ควรสังเกตว่าไม่ว่าจะใช้โพวิโดนไอโอดีนหรือไอโอดีนในการฆ่าเชื้อก็ตาม ควรปฏิบัติตามวิธีใช้และปริมาณที่ถูกต้อง หากใช้ไม่เหมาะสมหรือมากเกินไปอาจส่งผลให้เกิดอาการไม่พึงประสงค์หรือปัญหาสุขภาพได้ ดังนั้นจึงควรปรึกษาแพทย์หรือผู้เชี่ยวชาญก่อนใช้ยาฆ่าเชื้อใดๆ